
Ayato Kamina wurde von der Mädchen, die er liebte, Haruka Mishima, getrennt, als ein Ereignis stattfand, das man für tot hielt, alle außer den Bewohnern Tokios. Drei Jahre später griff jedoch plötzlich eine Invasion die Stadt an. Dort trifft er auf eine Agentin von TERRA, Haruka Shitow, die ihm verspricht, ihm die Wahrheit über die Welt zu zeigen. Es ist der Beginn einer Reihe seltsamer Ereignisse, die ihn dazu führen, einen riesigen Mech, den RahXephon, zu aktivieren und herauszufinden, dass viele Menschen, darunter auch seine eigene Mutter, blaues Blut haben, und dass er in einer selbstgeschlossenen Dimension gelebt hat, in der die Zeit langsamer verläuft als in der Außenwelt.
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